合併で運送業の許認可は引き継げますか？

今回、分社型新設分割後に新設会社の株式を譲渡してM&Aを行います。
なお非適格分割であり、新会社においてのれん（資産調整勘定）が発生します。

M&A後に買い手がこの新会社と合併した場合、この資産調整勘定は消滅するのでしょうか。もしくは買い手に引き継がれるのでしょうか。
※100%親子間の合併であり、適格合併の前提です。また合併による存続会社は買い手、消滅会社は新会社とします。

M&Aで譲渡する対象が3社あり、HD会社とその下に100%子会社の2社です。
事前に合併して1社にしてから株式譲渡をする予定ですが、合併の順番によって適格判定に影響はあるでしょうか。
兄弟会社同士を合併してからHDと残った子会社を合併するのが自然かと思いますが、先にHDと子会社を合併してから残り1社と合併してもいいでしょうか。